Manatsu no Grey Goo คุราชิกิ นักเรียนมัธยมปลายมีทักษะเคนโด้ที่ดีที่สุดแห่งหนึ่งในญี่ปุ่น แต่เธอไม่เก่งเรื่องเรียน. ร่วมกับ สึมุงิ นักทำวิดีโอ และ อายาโนะ ผู้ชอบการฝึกเอาชีวิตรอด มันเป็นช่วงกลางฤดูร้อนที่จะมีการเรียนซ่อมตั้งแต่วันแรกของวันหยุดฤดูร้อน แต่ในขณะนั้น เฮลิคอปเตอร์ SelfDefense Force ลงจอดในสนามของโรงเรียน ซึ่งเป็นช่วงเริ่มต้นของวันหยุดฤดูร้อนซึ่งก็คือเรื่องสุดอันตรายและร้อนเกินไปสำหรับกลางฤดูร้อน!